敦煌南仓位于敦煌市南关西域路南侧，修建于清代，2003 年被公布为甘肃省第六批省级文物保护单位，现为敦煌市粮食局南关粮库，由敦煌市粮食局南关粮库管理站使用和管理。

清雍正元年（1723 年），清政府在敦煌置沙州所，后改为敦煌卫、敦煌县，从内地调遣大批兵士至此驻边戍守。为解决军粮供应，政府组织实边屯垦，修建粮仓，当时“由省会至府、州、县，俱建常平仓，或兼设裕备仓。乡村设社仓，市镇设义仓”（《清史稿》卷 121（食货二））。清道光《敦煌县志》载：“南仓一处，在南关，计二百六十间，乾隆四十三年（1778 年）建，今存”（清道光辛卯年纂《敦煌县志•仓厂》）。民国时期，南仓为敦煌县人民政府储备粮仓。中华人民共和国成立后，为酒泉行署的储备粮仓。

现存敦煌南仓为院落式布局，坐北朝南，占地面积 10978 平方米，共有 8 座仓廒，建筑面积 1314 平方米。院落大门位于北墙西端，其中 1、2、3 号仓廒位于院落北侧，门均南开，依次由西向东排列， 分别相距1.1 米；4、5 仓廒位于2 号仓房南侧22 米处， 4 号仓房门西开，5 号仓房门东开，两座仓廒的后檐墙相距 1 米；6、7、8 号仓廒位于院落南侧，紧靠南墙，门均向北开，依次由东向西排列，相距 1.6 ～ 1.8 米。各座仓廒之间的空隙处均用土坯墙封堵，墙上开单扇木板门。

8 座仓廒的建筑形制、结构一致，均土木结构单檐双面坡七檁中柱式硬山顶，平面呈长方形，面阔五间（17.4 米），进深两间（8.5 米），前后檐口高 3.3 米，中柱高 5.8 米。前后檐墙通体夯土板筑，墙体有收分，墙基宽 1.3 米，顶宽 0.9 米，高3.4 米，内外墙面均用大草泥、滑秸泥敷抹罩面， 前后檐墙在后期维修时用白灰粉刷；山墙山尖以下为夯土板筑，以上为土坯砌筑，墙基宽 1.1 米，顶宽 0.9 米，高5.9 米，后期维修时用白灰粉刷内墙面。梁架结构为三步梁、单（双）步梁、檁条（包括檐檩、上下金檁、脊檁），脊檁置于中柱上。椽子上铺厚 30 毫米的苇席，屋面铺厚 0.3 米的草泥。每座仓廒正面开一门，为双扇闸板式，由上槛、下槛、门框、闸板组成。部分门后期改造为双开现代木板门、双开铁门，并在山面山尖处开长方形窗户。

2014年，经报请省政府同意，省文物局《关于公布省级文物保护单位保护范围的通知》（甘文局发〔2014〕300号）公布其保护范围为“东至15 号仓东墙外侧以东5 米，南至6 号仓南墙外侧以南5 米，西分别至6 号仓西山墙以西5 米、12 号仓西山墙以西10 米，北分别至6号仓北墙以北10 米、12 号仓北墙以北5 米。” 2018年，省文物局、省住房和城乡建设厅《关于公布部分全国重点文物保护单位和省级文物保护单位建设控制地带的通知》（甘文局联发〔2018〕3号）公布其建设控制地带为“保护范围外向东、南、西、北各延伸100 米。”（甘肃省文物局）